1974 ഫെബ്രുവരി 24 ന് മെത്രാനായശേഷം ശ്രേഷ്ഠ ബാവയ്‌ക്ക് പള്ളിയില്‍ പ്രവേശിക്കാനായിരുന്നില്ല. അദ്ദേഹം മെത്രാപ്പോലീത്തയായി പട്ടമേറ്റ്‌ വന്ന സമയത്ത്‌ പള്ളിയില്‍ സ്വീകരണ സമ്മേളനം നടന്നു. ഇതിനെ ഒരുവിഭാഗം എതിര്‍ത്തത്‌ പോലീസ് ലാത്തിചാര്‍ജില്‍ കലാശിച്ചു. പള്ളിപരിസരത്ത്‌ 144 പ്രഖ്യാപിച്ചു. ഫാ. ബേബിജോണ്‍, ഡീക്കണ്‍ മത്തായി ഇടപ്പാറ തുടങ്ങിയവര്‍ക്കെതിരേ കേസെടുത്തു. അച്ചനെ അറസ്‌റ്റ് ചെയ്‌ത് ജാമ്യത്തില്‍വിട്ടു.
ഇതില്‍ പ്രതിഷേധിച്ച്‌ തോമസ് മോര്‍ ദിവന്നാസിയോസ്‌ (ഇന്നത്തെ ശ്രേഷ്ഠ ബാവ) പള്ളിഗേറ്റില്‍ അനിശ്‌ചിതകാല നിരാഹാരം തുടങ്ങി. സഭാ ചരിത്രത്തിലാദ്യമായി ആരാധനാ സ്വാതന്ത്ര്യത്തിനും വിശ്വാസികളെ മര്‍ദിച്ചതിനെതിരേയും നടന്ന സമരം. നാടും സര്‍ക്കാരും ഇളകി. മന്ത്രിസഭ അടിയന്തരമായി ചേര്‍ന്ന്‌ ഭക്ഷ്യമന്ത്രി പോള്‍ പി. മാണിയുടെ നേതൃത്വത്തില്‍ സബ്‌ കമ്മിറ്റിയെ പ്രശ്‌നങ്ങള്‍ അവസാനിപ്പിക്കാന്‍ ചുമതലപ്പെടുത്തി. 1977 ജൂണ്‍ 16 ന് ഇരുവിഭാഗവും മന്ത്രിയുടെ സാന്നിധ്യത്തില്‍ കൂടി തീരുമാനങ്ങള്‍ പ്രഖ്യാപിച്ചു. അതിനുശേഷം ഇരുവിഭാഗം മെത്രാന്മാരും പള്ളിയില്‍ പ്രവേശിച്ചിരുന്നില്ല.
ഓര്ത്തഡോക്സ് വിഭാഗം 1977 ല്‍ നല്‍കിയ ഹര്‍ജി ഹൈക്കോടതി തള്ളിയതിനെത്തുടര്‍ന്നാണ്‌ പള്ളിയില്‍ 38 വര്‍ഷത്തിനുശേഷം പ്രവേശിക്കാന്‍ ബാവയ്‌ക്ക് അവസരം ലഭിച്ചത്‌. പള്ളിയുടെ സ്‌ഥാവര ജംഗമ വസ്‌തുക്കളുടെ കൈവശാവകാശവും ഉടമസ്‌ഥതയും യാക്കോബായ പക്ഷത്തിന്റെ ഭരണസമിതിക്കാണ്‌.
